Союз МКСО создан в целях предоставления и защиты общих профессиональных интересов муниципальных контрольно-счётных органов, достижения общественно полезных, а также иных не противоречащих закону и имеющих некоммерческий характер целей. Деятельность Союза направлена на укрепления взаимодействия муниципальных контрольно-счётных органов по повышению эффективности внешнего муниципального финансового контроля.